С распадом СССР приказало долго жить и всесоюзное футбольное первенство. Получившие независимость республики начали проводить свои собственные чемпионаты.
В 1992 году стартовал первый чемпионат суверенной Беларуси, среди участников которого было и минское «Динамо», руководил которым известный в прошлом голкипер «бело-голубых» Михаил Вергеенко. Укомплектованная сильнейшими на тот момент футболистами республики команда фактически не встречала конкуренции и за явным преимуществом выигрывала чемпионат за чемпионатом. Плечом к плечу с такими признанными мастерами, как Андрей Зыгмантович, Сергей Гоцманов, Павел Родненок, Андрей Сацункевич и Сергей Герасимец, понюхавшими пороху в высшей союзной лиге, школу футбола проходили будущие звезды белорусского футбола Эрик Яхимович, Петр Качуро, Валентин Белькевич, Александр Хацкевич, Геннадий Тумилович, Юрий Шуканов, Александр Лухвич и др.
В середине 90-х «Динамо» по-прежнему оставалось бессменным лидером белорусского футбола, однако доказывать свое превосходство минчанам с каждым годом становилось все сложнее. Постепенно завершали игровую карьеру ветераны, многие ведущие футболисты отправлялись на легионерские хлеба. Да и соперники с каждым годом все громче заявляли о своих претензиях на чемпионский трон.
Первым вызов динамовской гегемонии бросил мозырский МПКЦ. И если в 1995-м «бело-голубые» в очном споре смогли вырвать золотые медали, то год спустя столичный клуб вынужден был довольствоваться лишь вторым местом. Эта осечка стоила работы главному тренеру Ивану Щекину. И хотя в 1997 году под руководством Вениамина Арзамасцева минчане вернули себе чемпионский титул, было очевидно, что команда вступает в эпоху безвременья.
Буквально за несколько лет «Динамо» из флагмана превратилось в заурядного середняка. Масла в огонь подливала и неразбериха с правом собственности на клуб.
В декабре 1999-го сменился собственник клуба — председателем правления ЗАО “Динамо-Минск” согласился стать известный в стране меценат и бизнесмен, глава фирмы “Трайпл” Юрий Чиж. С этого момента динамовские дела пошли на лад. Команда вернула себе лидерские позиции в отечественном футболе: брало Кубок, становилось вице-чемпионом и дважды бронзовым призером национального первенства.
И вот, наконец, в 2004 году минчанам покорился белорусский футбольный Олимп. Ведомая тренерским тандемом Юрий Шуканов — Леонид Остроушко динамовская дружина на протяжении всего сезона демонстрировала зрелищный атакующий футбол и за тур до конца чемпионата в очном споре с БАТЭ завоевала чемпионский титул. Золотыми медалями были награждены: Андрей Разин, Виталий Володенков, Игорь Рожков, Дмитрий Ленцевич, Сергей Павлюкович, Леонид Ковель, Дмитрий Чалей, Дмитрий Пархачев, Артур Лесько, Ян Тигорев, Петар Златинов, Дэвид Зоубек, Кирилл Павлючек, Максим Цыгалко, Виктор Сокол, Юрий Цыгалко, Алексей Добровольский, Александр Мартешкин.
После триумфального 2004-го все ожидали от минского «Динамо» не менее яркого продолжения. Однако в последующие два года «бело-голубые» останавливались в шаге от «золота». Перед началом 2007 года столичная дружина также имела виды на медали, но молодому коллективу, возглавляемому молодым тренером Александром Хацкевичем, зачастую не хватало опыта и стабильности. Так что с мечтами о пьедестале в юбилейном сезоне пришлось расстаться.
И все же вряд ли кто-то сомневается, что в летописи минского «Динамо» будет еще немало славных страниц. История продолжается…